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被追放者には
ペロピダスが含まれていたが、危険がないとみなされたエパメイノンダスは追放を免れた。
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エパメイノンダスはアテナイで母国解放の機会をうかがっていた
ペロピダスの連絡を受け、
テーバイの独立を計る。
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テーバイは
ペロピダス指導の下、利害の一致したアテナイと結び、スパルタとの戦闘を避けつつ講和に有利な状況をつくりだしたが、次第にアテナイと反目するようになる。
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紀元前374年には講和会議が開かれたが、
ボイオティア諸都市からの撤退を要求するスパルタ王アゲシラオス2世と決裂。
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紀元前371年、エパメイノンダスは
ボイオティア諸都市から集められた軍勢の総司令官として、スパルタ率いるペロポネソス同盟軍と対決した(レウクトラの戦い)。
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この戦いで彼は斜線陣を用い、神聖隊を率いて戦い、劣勢でありながら圧倒的な勝利をもたらした。
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その後ギリシアの覇権を求めて紀元前370年、ペロポネソス遠征を決行する。
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途中、指揮権の任期が切れたが進軍を続け、スパルタの要衝を攻撃した。
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しかしアテナイがスパルタの支援を決め、進軍も困難になったため、
テーバイに帰国した。
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帰国後、母国の指擦官は、無許可の指揮権延長を違法とし、彼への死刑裁判を求めたが、エパメイノンダスは自身の演説によって窮地を脱した。
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この後、再び遠征し、スパルタとアテナイに打撃を与えたが、反撃の機会をうかがっていた国内の政敵により、戦果不足を糾弾されて政界から追放される。
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その後の戦闘では一兵卒として参加、自軍が敵の待ち伏せに遭い全滅の危機に陥った際には、彼は指揮権を委譲されて自軍の危機を救った。
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紀元前362年、テゲアの出兵要請に応えた
テーバイは、マンティネアと結んだスパルタ、アテナイと再び対立し、四度目のペロポネソス遠征を行った。
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エパメイノンダスはスパルタやマンティネイアを奇襲するも戦果が上がらず、会戦に訴えた(マンティネアの戦い)。
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この戦いでエパメイノンダスは自ら突撃隊を率い敵を敗走させたが、自身は戦闘の最中に槍を受けて戦死した。
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マンティネイアで彼を初めとする上級将校を全員失い、もはや彼の戦闘教義を継承できる
テーバイ人はいなかったために
テーバイは覇権を維持することが困難になった。