| 1996年7月14日、フアン・ルイス・トーレスを12R判定で下し、NABF北米スーパーバンタム級タイトル獲得。 |
| 1997年9月6日、辰吉丈一郎を2度下したことのある、ダニエル・サラゴサに11RTKO勝ちでWBC世界スーパーバンタム級タイトル獲得。 |
| その後、ジュニア・ジョーンズ、ウェイン・マッカラーなどの元世界王者を攻略し防衛を重ねていく。 |
| 2000年2月19日、9回目の防衛戦では同じくメキシカンとして人気を二分するライバルWBO王者マルコ・アントニオ・バレラとラスベガスにて統一戦を行う。 |
| 序盤から互いに打って出る打撃戦を展開。 |
| 両者倒れてもおかしくないような壮絶なプライドのぶつかり合いの果てに、最終ラウンドついにモラレスが痛恨のダウン。 |
| しかし判定結果はモラレスに軍配。 |
| この判定には世界中で賛否両論が沸き起こる。 |
| この試合は2000年度のリングマガジンファイト・オブ・ザ・イヤー（年間最高試合賞）に選出されるなど歴史的な熱戦として軽量級最強の枠組みを超え、この時期のボクシング界全体での名勝負として広く認知された。 |
| なお、WBOはこの試合でバレラが負けたとされるのは間違っているとして、ジャッジの公式判定を無視し統一戦とは認めずバレラを再び王者に認定することになる。 |
| 2000年9月2日、フェザー級に転級し、WBC暫定世界フェザー級王座決定戦でケビン・ケリーを7RTKOで下し、WBC暫定世界フェザー級タイトルを獲得。 |
| 2001年2月17日、グティ・エスパダス・ジュニアとの王座統一戦に挑み12R判定で正王者に昇格。 |
| 2階級制覇を達成。 |
| 2002年6月22日、3度目の防衛戦で、同じくフェザー級に階級を上げ無敗王者のナジーム・ハメドを倒し勢いに乗っているマルコ・アントニオ・バレラとフェザー級にて2階級にまたがって再戦。 |
| 前回とは反対に序盤からバレラがアウトボクシングを仕掛ける技術戦に。 |
| リーチとテクニックに勝るモラレスが前半を優勢に、スタミナの消耗を待って後半手数を増やしたバレラが盛り返すという冷静なしのぎ合いの展開に。 |
| この試合は僅差の判定で3-0でバレラが雪辱。 |
| モラレスはキャリア初の敗北を喫し、モラレスの連勝は41でついに止まり、WBCフェザー級王座から陥落。 |
| ジャッジのシートによれば、序盤アウトボクシングでは優勢かに見えたモラレスの点は伸びておらず、この試合も前回同様に判定結果に賛否両論が起こる。 |
| ただし試合内容自体は僅差であったことは多くの評論家の間でも一致した名勝負であった。 |
| 同年11月16日にはポーリー・アヤラとの王座決定戦で勝利し、再びWBC世界フェザー級タイトルを獲得。 |
| 2004年2月28日、スーパーフェザー級へと転級、ヘスス・チャベスを下し、WBC世界スーパーフェザー級タイトルを獲得。 |
| メキシコ人としてはフリオ・セサール・チャベス以来、2人目となる3階級制覇を達成。 |
| 同年7月31日にはIBF同級王者カルロス・エルナンデスに12R判定勝ちでIBF世界スーパーフェザー級タイトルを獲得。 |
| 同年11月27日、宿敵マルコ・アントニオ・バレラと3階級目でのラバーマッチ。 |
| 両者とも若干の陰りが見えてきたかと言われる中で、すさまじい打撃と技術の応酬戦となる。 |
| 序盤から取りつ取られつの譲らない戦いとなるも、結果は0-2の僅差の判定負け。 |
| キャリア通算2敗目を喫し、WBCスーパーフェザー級タイトルを失った。 |
| この試合は2004年度のリングマガジンファイト・オブ・ザ・イヤーに選出された（2度目）。 |
| 2005年3月19日、バレラから金星をあげ、ファン・マヌエル・マルケスとも引き分けるなど一躍スターとなっていたフィリピンの新星マニー・パッキャオと対戦。 |
| 12R判定勝利で健在ぶりをアピールした。 |
| 同年9月10日、4階級目のライト級に階級を上げてのザヒール・ラヒーム戦で大差判定負け。 |
| 2006年1月21日、階級をスーパーフェザー級に戻しての王者マニー・パッキャオとの再戦では10Rにキャリア初のKO負けで通算4敗目。 |
| 同年11月18日にパッキャオとラバーマッチを行うが、3RTKOで連敗し、パッキャオとは1勝2敗と劣勢となり5敗目。 |
| 試合後の会見では引退をほのめかす発言をした。 |
| 2007年8月4日、メキシコ人初となる4階級制覇への二度目の挑戦と自身の引退を賭けてデビッド・ディアスの持つWBC世界ライト級王座に挑戦し、初回にダウンを奪うが、後半に反撃に遭い、12R判定負けで4連敗となる6敗目。 |
| 試合後に正式に現役引退を表明した。 |
| 2010年1月29日、メキシコで会見を開き、現役復帰を表明した |
| 2010年3月27日、復帰第1戦で元WBA世界ライト級王者のホセ・アルファロと対戦。 |
| 12R判定勝利で空位のWBCウェルター級インターナショナル王座を獲得した。 |
| 2010年9月11日、復帰第2戦でウィリー・リモンドと対戦。 |
| ボディブローで3度倒し、6RKO勝利で空位のWBCスーパーライト級シルバー王座を獲得した。 |
| 2011年7月17日、米国ネバダ州ラスベガスのMGMグランドにおいてパブロ・セサール・カノと王座決定戦を行い、10R終了TKO勝利でWBCスーパーライト級王座を獲得。 |
| 史上11人目、メキシコ人としてホルヘ・アルセに次ぐ2人目の4階級制覇を達成した。 |
