| 1983年『チベットのモーツァルト』せりか書房、講談社学術文庫2003年。 |
| 1985年『雪片曲線論』青土社、中公文庫1988年。 |
| 1986年『野ウサギの走り』思潮社、中公文庫1989年。 |
| 1986年『イコノソフィア 聖画十講』河出書房新社、河出文庫1989年。 |
| 1987年『虹の理論』新潮社、新潮文庫1990年、講談社文芸文庫2010年。 |
| 1988年『悪党的思考』平凡社、平凡社ライブラリー1994年。 |
| 1990年『バルセロナ、秘数3』中央公論社、中公文庫1992年。 |
| 1991年『東方的』せりか書房。 |
| 1992年『森のバロック』せりか書房、講談社学術文庫2006年 ※南方熊楠論考、文庫は抄版。 |
| 1992年『幸福の無数の断片』河出文庫 ※文庫のみ。 |
| 1992年『ゲーテの耳』河出書房新社、河出文庫1995年。 |
| 1992年『知天使のぶどう酒』河出書房新社、河出文庫1995年。 |
| 1993年『三万年の死の教え―チベット「死者の書」の世界』角川書店、角川文庫ソフィア1996年。 |
| 1994年『リアルであること』メタローグ、幻冬舎文庫1997年。 |
| 1994年『はじまりのレーニン』岩波書店、同時代ライブラリー1998年、岩波現代文庫2005年。 |
| 1995年『哲学の東北』青土社、幻冬舎文庫1998年。 |
| 1996年『純粋な自然の贈与』せりか書房、講談社学術文庫2009年。 |
| 1997年『ポケットの中の野生』岩波書店、新潮文庫2004年 ※書き下ろしのゲーム論。 |
| 1999年『女は存在しない』 せりか書房。 |
| 2001年『佐久夜』静岡新聞社 小著。 |
| 2001年『フィロソフィア・ヤポニカ』集英社 ※西田幾多郎・田辺元論考。 |
| 2002年『緑の資本論』集英社、ちくま学芸文庫2009年。 |
| 2002年『人類最古の哲学―カイエ・ソバージュ〈I〉』講談社選書メチエ。 |
| 2002年『熊から王へ―カイエ・ソバージュ〈II〉』講談社選書メチエ。 |
| 2003年『精霊の王』講談社。 |
| 2003年『愛と経済のロゴス―カイエ・ソバージュ〈III〉』講談社選書メチエ。 |
| 2003年『神の発明カイエ・ソバージュ〈IV〉』講談社選書メチエ。 |
| 2004年『対称性人類学カイエ・ソバージュ〈V〉』講談社選書メチエ。 |
| 2004年『僕の叔父さん網野善彦』集英社新書。 |
| 2005年『アースダイバー』講談社 ※前衛的な東京論。 |
| 2006年『芸術人類学』みすず書房。 |
| 2006年『三位一体モデル TRINITY』 東京糸井重里事務所。 |
| 2008年『古代から来た未来人 折口信夫』ちくまプリマー新書。 |
| 2008年『狩猟と編み籠 対称性人類学II』講談社＜芸術人類学叢書１＞ ※カイエ・ソバージュの続刊。 |
| 2008年『鳥の仏教』新潮社 ※チベット語仏典から初訳と解説、新潮文庫2011年。 |
| 2010年『カイエ・ソバージュ』講談社 大著。 |
