| 1949年シーズン終了後、巨人選手たちが三原監督に対する排斥騒動を起こし、その流れに押される形で1950年から監督に就任した。 |
| 1949年にチームを戦後初優勝に導いた三原は総監督に異動となる三原は1947年に総監督という肩書でチームに復帰しているが、名目上の監督は1946年復帰から就任していた中島治康内野手。 |
| しかし復帰年の途中から公式戦の指揮は三原が執っていた。 |
| これは三原の水原への扱いに対して不満を持っていた選手の大半がクーデターを起こして、事実上指揮権を奪ったというのが定説となっている。 |
| 水原自身はこの謀議にはかかわっておらず、「優勝に導いた監督が辞めさせられるのは筋が通らない」と監督就任に反対していたという。 |
| 選手兼任監督だった1950年は3位に終わるが、1951年から1953年までリーグ3連覇・日本一。 |
| 巨人の「第二期黄金時代」を築いた。 |
| 選手には与那嶺要、川上哲治、千葉茂、広田順、別所毅彦ら名選手が揃っていた。 |
| しかし1954年はフォークボーラー杉下茂擁する中日ドラゴンズにペナントを奪われて2位となり優勝を逃した。 |
| この間、水原の監督就任4年目にあたる1953年からユニホームに黒とオレンジのチームカラーを導入した（アメリカMLBのニューヨーク・ジャイアンツを参考にしたもの）。 |
| さらに、V9時代・第1次長嶋監督時代・第1次藤田監督時代・王監督時代まで30年の長きにわたり使用されたホーム用のクリーム色（当初はカラーTV用ユニフォーム）は水原の巨人監督最後の年、1960年に登場した（V9時代から第2次藤田監督時代まで32年間使用されたビジター用のライトブルーは水原退任後の1961年から登場）。 |
| ←最終年のホーム用は、クリーム色ではなく、ベージュ色。 |
| 1955年は再び独走でリーグ優勝を達成し、日本シリーズは南海と4度目の対戦になった。 |
| 巨人は第1戦に勝利したが第2戦から3連敗を喫し、シリーズで初めて王手をかけられる。 |
| 水原は第5戦に当たって、捕手を広田順から藤尾茂へ、二塁手を千葉茂から内藤博文へ、左翼手を樋笠一夫から加倉井実（因みに、王手を掛けられた第4戦で代打に起用されている）へと若手選手を抜擢する賭けに出ると、これらの選手が活躍して3連勝して逆転日本一を達成した。 |
| 翌年もリーグ優勝を達成すると、日本シリーズの対戦相手はライバルの三原脩率いる西鉄ライオンズとの対戦となり、これはマスコミから（三原の巨人退団の経緯を踏まえて）「巌流島の決戦」と喧伝された。 |
| 以後1958年まで3年連続で日本シリーズで対戦し、いずれも三原ライオンズに3年連続で敗れた。 |
| 1957年はリーグ優勝したものの日本シリーズでは続けて西鉄ライオンズに敗れた。 |
| このときの対戦成績は1分4敗で1勝も挙げることなく敗れたため読売内部から水原の手腕を問う声が高まった。 |
| 2年連続で日本一を逃し、球団社長の品川主計は一部コーチの解任とベテラン選手の整理を行った。 |
| 特に、二軍コーチに招聘した新田恭一をチーム改革の柱に据えて、水原に新田の方針に従えと命じた。 |
| しかし水原はこの品川の人事案に猛反発して、品川に辞任を申し出た。 |
| オーナーの正力松太郎は国家公安委員会委員長を務めており、水原を人事院ビルにあった国家公安委員長室に呼びつけた。 |
| 正力は品川のコーチ解任人事について、水原に新任コーチの人選を認めることを条件に受け入れるよう命じた。 |
| 水原はこれを聞いて監督の辞任を撤回する。 |
| だがこれを聞いた品川は水原の態度に激怒し、記者たちが多数いる前で「水原君、謝りたまえ」と罵倒した。 |
| 1958年の日本シリーズは三原脩の西鉄ライオンズと3度目の対決となった。 |
| 第1戦から3連勝して王手をかけるが、明け方まで降り続いた雨のために第4戦は中止。 |
| しかし試合開始前に雨は上がっており試合に耐えるグラウンドコンディションだったという。 |
| 九州各地からバスで観戦に向かうファンたちに配慮しての中止決定とする西鉄側を巨人と水原は執拗に抗議したが認められなかった。 |
| その第4戦を落としたものの第5戦は9回表を終わって1点のリード。 |
| しかしその裏西鉄の代打小淵泰輔の三塁線への打球を塁審二出川延明がフェアと判定したことに水原・三塁手長嶋茂雄がファウルだと抗議、結局判定は覆らずその後同点、延長10回に稲尾和久のサヨナラ本塁打（シリーズ史上初）で試合を落とした。 |
| さらに第6戦開始前に西鉄が先発メンバーの変更を申し出（当時は前日に先発メンバーを発表）、これを巡って両軍はもめ、井上登コミッショナーを挟んで悠然と座る三原と苦虫をかみつぶしたような表情の水原が対峙する写真が残っている。 |
| この騒ぎで試合開始が遅れ、調整に混乱させられた先発藤田元司が初回に中西太に決勝打となる先制2ランを浴びこの試合も敗れ、稲尾和久の4連投で4連勝を挙げた西鉄に史上初の3連敗4連勝を許した。 |
| この年のオフ、投手の別所毅彦が契約更改で登板数の保障を求めたことに、「選手の起用は監督の専権事項」と強く批判。 |
| この対立はマスコミを賑わせたが最終的に別所が誤りを認めて謝罪、水原もできるだけ別所の意向に沿うように努めることで決着した。 |
| 別所はヴィクトル・スタルヒンの持っていた通算最多勝記録の更新を目標としており、登板機会を増やしたいという意図があったとされる。 |
| 1959年もリーグ優勝を果たすが、今度は杉浦忠擁する南海ホークスの前に4連敗を喫した。 |
| そして、1960年には三原が同じセ・リーグの大洋監督に就任し、マスコミから巌流島の決戦再びと喧伝された。 |
| 三原は6年連続最下位の大洋を巧みな選手起用でチーム力を引き上げ、巨人と優勝争いを繰り広げ、大洋に屈してリーグ優勝を逃し2位となる。 |
| 水原はリーグ優勝が絶望となった10月、試合終了後カメラマンから執拗に写真を取られたことに激怒して、そのカメラマンを殴りつけてフィルムを取り上げた「殴りつけたのではなく、火のついた煙草を投げつけただけ」という記者の証言もある。 |
| なお、騒ぎに気付いてフィルムを取り上げたのは広岡達朗。 |
| 結果、水原は5年連続で日本一を逃す結果となり、正力松太郎の水原に対する評価も下落し、「グラウンドの恥は、グラウンドでそそぐ」との名言を残して水原は巨人監督を辞任した。 |
| 1960年12月に東映フライヤーズのオーナー大川博に「カネは出すがクチは出さない」と口説かれて東映監督に就任。 |
| 東映は当時万年Bクラスに甘んじていたが、水原は就任1年目で南海ホークスとシーズン終盤まで優勝争いを繰り広げ2位に上げた。 |
| 水原は着任とともに、自らがデザインしてユニホームを巨人と似た色使い（帽子・アンダーシャツなどの色は巨人が黒・東映は焦げ茶）・スタイルに変更させた。 |
| 1961年オフには大規模な補強を敢行して、浪商2年生だった尾崎行雄を中退させて獲得、早慶戦で活躍した安藤元博、立教大学の青野修三、芝浦工大の岩下光一らを獲得。 |
| 尾崎はエースとして活躍し、青野、岩下は二遊間を組んでレギュラーとなるなど、補強は成功し、チームはリーグ優勝を果たした。 |
| 1962年の日本シリーズでは藤本定義率いる阪神タイガースと対戦、1分2敗となった第4戦から4連勝して日本一を達成する（第7戦では主砲張本勲に守備固めの選手と交代させるなど非情な采配でチームを引き締めた）。 |
| 1965年頃、オープン戦で韓国に遠征した。 |
| あるゲームで大杉勝男が韓国のノンプロチームをひいきする地元審判の露骨なジャッジに腹を立てて悪態をついたのを見るや大杉を呼びつけるなりビンタを飛ばした。 |
| 1969年から1971年まで中日監督を務め、共に4位、5位、2位と優勝は果たせなかったものの、星野仙一、島谷金二、谷沢健一といった若手の選手育成に心血を注ぎ、自身をヘッドコーチとして支えた後任の与那嶺要監督による巨人のV10を阻む1974年の優勝の土台をつくった。 |
| だがその一方で1年目に江藤愼一をチームから放出している（3年目1971年の62歳で開幕を迎えたシーズンでの監督在任は今でも球団史上最年長監督）。 |
| 1971年の公式戦終了とともに中日監督を辞任し、ユニホーム生活に別れを告げた。 |
| 水原の監督最終日の第一試合の相手はライバル・三原率いるヤクルトアトムズだった。 |
| 第二試合の大洋ホエールズ戦終了後、水原はナインから胴上げされた。 |
