| 将棋のルールを覚えたのが小学校4年の頃、将棋の面白さがわかったのが小6-中1の頃本人談2008年名人戦第1局の解説者としてテレビ出演した際に語った。 |
| という遅さ。 |
| 奨励会試験で一度落ちたが、研修会から編入し、1986年に奨励会に入会した。 |
| 入会後5年をかけ1991年に四段に昇段（プロ入り）。 |
| いわゆる「羽生世代」の一人であるが、羽生善治、佐藤康光、森内俊之、村山聖といった早熟の棋士達（「チャイルドブランド」と呼ばれた）とは異なり、丸山忠久と共にやや遅れて台頭してきたグループに属する。 |
| 1995年12月22日、第54期B級2組順位戦の対井上慶太戦で、対居飛車穴熊の「藤井システム」を初披露し、僅か47手で井上を投了に追い込んだ。 |
| 1996年度の第27回新人王戦で優勝。 |
| 同棋戦では、翌1997年度（第28回）、および、竜王在位時の1999年度（第30回）でも優勝。 |
| さらには、1997年に第16回早指し新鋭戦で優勝し、若手棋士参加棋戦で4度の優勝を果たす。 |
| 1996年は、全棋士参加の大型棋戦である第14回全日本プロトーナメントでも決勝五番勝負に進出したが、屋敷伸之に0-3のストレートで敗れ、優勝はならなかった。 |
| 1998年度、第11期竜王戦で4組優勝（決勝の相手は深浦康市）。 |
| 本戦（決勝トーナメント）では、鈴木大介（3組2位）、南芳一（1組優勝）、屋敷伸之（1組3位）に勝ち、さらに、挑戦者決定三番勝負で羽生善治（1組2位）を相手に1敗の後に2連勝し、タイトル初挑戦。 |
| 谷川浩司竜王との七番勝負で藤井システムを用い、4-0のストレートで破りタイトル初獲得（1998年11月18日）。 |
| 「将棋世界」誌の表紙には「藤井システムが将棋界を席巻」の文字が印字された。 |
| また、この年度は、全棋士中1位の43勝を挙げた。 |
| 初の防衛戦となる第12期（1999年度）竜王戦では、同じ振り飛車党である鈴木大介を挑戦者に迎えた。 |
| 鈴木は挑戦権獲得時のインタビューで、全局を振り飛車で戦うとの「全・振り飛車宣言」をしていた。 |
| 七番勝負で藤井は振り飛車を封印し、全局通して居飛車で戦い、4-1で防衛に成功した当時鈴木が相振り飛車で高い勝率を誇っていたことも振り飛車を封印した理由の1つであると藤井は雑誌で語っている。 |
| 2000年度、第48期王座戦で羽生に挑戦（竜王戦以外では初めてのタイトル挑戦）。 |
| その五番勝負と日程がオーバーラップして、第13期竜王戦七番勝負では羽生の挑戦を受け、「十二番勝負」となった。 |
| 王座戦は2-3で敗れたものの、「勝っても負けてもフルセットにします」と宣言したとおりの展開となった。 |
| 竜王戦で羽生をフルセットの末4-3で下し、竜王戦史上初の3連覇を達成（後に渡辺明によって更新される）。 |
| お互い自分が保持するタイトルをフルセットで防衛した。 |
| 羽生の挑戦を退けてタイトルを防衛したのは谷川に続き2人目である。 |
| 第59期（2000年度）B級1組順位戦の最後の2局で、藤井と昇級を争っていた郷田真隆が2連敗したのに対し藤井は2連勝し、逆転でA級初昇級。 |
| 前年のB級1組昇級に続く2連続昇級であった。 |
| 2002年（第23回）と2005年（第26回）のJT将棋日本シリーズで優勝。 |
| 2005年の優勝後のインタビュー（囲碁・将棋ジャーナル）で、「このようなインタビューを受けるのは久しぶり。 |
| これからもっと、このようなインタビューを受けられるような活躍をしたい」という旨を語った。 |
| 2006年、第24回朝日オープン将棋選手権で羽生に挑戦し、1-3で敗れるこの時控え室で着ていた派手なシャツが話題にのぼる。 |
| この間、第52期（2002年度）、第56期（2006年度）、第57期（2007年度）の王将戦でリーグ入り。 |
| 2010年度、第58期王座戦挑戦者決定戦で深浦康市を下し、羽生王座に挑戦するがストレート負けを喫し、羽生が持つ同一タイトル連覇記録と同一タイトル連続無敗防衛記録の更新を許す。 |
| 同年度、第23期竜王戦で2組優勝し、1組へ復帰。 |
| 一方、2011年3月2日、第69期（2010年度）A級順位戦最終戦で高橋道雄に敗れて3勝6敗となり、10年守ったA級の座から陥落。 |
| その7回戦、森内俊之と戦った一局で、敗局ではあるが第38回将棋大賞の「名局賞特別賞」を受賞した。 |
| 2011年度、第52期王位戦でリーグ入り。 |
| 4勝1敗で紅組リーグ優勝をしたものの、挑戦者決定戦（2011年6月13日）で白組リーグ優勝の羽生に敗れる。 |
| この対局の9日前（6月4日）に放送の「囲碁・将棋フォーカス」で解説役としてゲスト出演していたが、「嫌な相手（羽生）が出てきました」と苦笑しながら語り、司会と聞き手を笑わせていた。 |
