| 『現代の博物誌 プルートーンの火』（1976年、現代教養文庫）。 |
| 『科学は変わる 巨大科学への批判』（1979年、東洋経済新報社）。 |
| 『スリーマイル島原発事故の衝撃 1979年3月28日そして…』（1980年、社会思想社）。 |
| 『いま、普段着の科学者として考えること』（1981年、オルターナティブを考える会）。 |
| 『危機の科学』（1981年、朝日新聞社）。 |
| 『米ソ核戦争が起ったら』（1981年、岩波書店）共著：西沢信正。 |
| 『プルトニウムの恐怖』（1981年、岩波新書）。 |
| 『元素の小事典』（1982年、岩波ジュニア新書）。 |
| 『わが内なるエコロジー 生きる場での変革』（1982年、農山漁村文化協会）。 |
| 『核時代を生きる 生活思想としての反核』（1983年、講談社現代新書）。 |
| 『ぼくからみると』（1984年、福音館書店）共著：片山健。 |
| 『核に滅ぶか?』（1984年、径書房）。 |
| 『少数派の力を見直す』（1984年、日本はこれでいいのか!市民連合）。 |
| 『単位の小事典』（1985年、岩波ジュニア新書）。 |
| 『いま自然をどうみるか』（1985年、白水社）。 |
| 『科学とのつき合い方』（1986年、河合出版）。 |
| 『エネルギーを考える』（1986年、岩崎書店）。 |
| 『森と里の思想 大地に根ざした文化へ』（1986年、七つ森書館）共著：前田俊彦。 |
| 『チェルノブイリ 最後の警告』（1986年、七つ森書館）。 |
| 『ヨーロッパ反原発の旅』（1986年、原子力資料情報室）。 |
| 『原発事故 日本では?』（1986年、岩波ブックレット）。 |
| 『われらチェルノブイリの虜囚 ドキュメント・日本原発列島を抉る』（1987年、三一書房）。 |
| 『科学の「世紀末」』（1987年、平凡社）共著：関曠野。 |
| 『科学は変わる 巨大科学への批判』（1987年、現代教養文庫）。 |
| 『あなたをおそう!!チェルノブイリ ひろがりつづける放射能汚染』（1987年、宇宙はてない社）。 |
| 『あきらめから希望へ 生きる場からの運動』（1987年、七つ森書館）共著：花崎皋平。 |
| 『プルートーンの火 地獄の火を盗む核文明』（1988年、社会思想社）。 |
| 『チェルノブイリ月誌』（1988年、反原発運動全国連絡会）。 |
| 『もし……どっちのみちにいこうかな』（1988年、福音館書店）共著：中野こういち。 |
| 『巨大事故の時代』（1989年、弘文堂）。 |
| 『エネルギーをかんがえる 消費社会をこえて』（1989年、日本ライトハウス）。 |
| 『食卓にあがった死の灰』（1990年、講談社現代新書）共著：渡辺美紀子。 |
| 『核燃料サイクル施設批判』（1991年、七つ森書館）。 |
| 『チェルノブイリ事故抹殺は許されない IAEA報告批判』（1991年、原子力資料情報室）。 |
| 『核の世紀末 来るべき世界への構想力』（1991年、農山漁村文化協会）。 |
| 『原発に子孫の命は売れない 舛倉隆と棚塩原発反対同盟23年の闘い』（1991年、七つ森書館）共著：恩田勝亘。 |
| 『マリー・キュリーが考えたこと』（1992年、岩波ジュニア新書）。 |
| 『反原発、出前します!! 高木仁三郎講義録』（1993年、七つ森書館）。 |
| 『プルトニウムを問う 国際プルトニウム会議・全記録』（1993年、社会思想社）。 |
| 『高木仁三郎が語るプルトニウムのすべて』（1994年、原子力資料情報室）。 |
| 『プルトニウムの未来 2041年からのメッセージ』（1994年、岩波新書）。 |
| 『宮沢賢治をめぐる冒険 水や光や風のエコロジー』（1995年、社会思想社）。 |
| 『もんじゅ事故の行きつく先は?』（1996年、岩波ブックレット）。 |
| 『このままだと「20年後のエネルギー」はこうなる』（1998年、カタログハウス）。 |
| 『市民の科学をめざして』（1999年、朝日新聞社）。 |
| 『市民科学者として生きる』（1999年、岩波新書）。 |
| 『若者たちが見た20年目のスリーマイル島原発』（2000年、原子力資料情報室）共著：伊豆英恵。 |
| 『原子力神話からの解放 日本を滅ぼす九つの呪縛』（2000年、光文社→講談社+α文庫）。 |
| 『原発事故はなぜくりかえすのか』（2000年、岩波新書）。 |
| 『人間の顔をした科学』（2001年、七つ森書館）。 |
| 『高木仁三郎著作集』全12巻（2001〜2004年、七つ森書館）。 |
| 『知ればなっとく脱原発』（2002年、七つ森書館）共著：久米三四郎、西尾漠、小林圭二、小出裕章ほか。 |
| 『新装版チェルノブイリ原発事故』（2011年、七つ森書館）。 |
| 『新装版反原発、出前します 原発・事故・影響そして未来を考える』（2011年、七つ森書館）。 |
| 『いま自然をどうみるか（新装版）』（2011年、白水社）。 |
