| 第二部開始から長らく姿を見せなかったが、第300話で再登場する。 |
| 木ノ葉へ連れ戻しにアジトへ乗り込んできたナルトたちと数年ぶりに再会したが、ヤマトを筆頭とする仮の第七班を圧倒。 |
| 全身から“千鳥”を出す“千鳥流し”や大蛇丸と同じ草薙の剣を使いこなしたり、ナルトの体内に封印されている九尾を見つけるほどの瞳術を身につけていたりと、第一部の時より格段に成長して、冷静沈着になっている。 |
| 復讐への強い思いは、九尾の妖孤に「自分を上回る禍々しいチャクラの質」と評されるほどでもあった。 |
| その他、映画版のみの設定ではあるが、カカシですら見切れないと言っていた点穴を見切り、正確に攻撃している。 |
| 大蛇丸とはあくまで互いを利用し合っているに過ぎないため、敬愛の情など皆無であり、薬師カブトからしばしば言葉遣いを注意されていた。 |
| また大蛇丸に師事してからも戦う相手を殺すといったことは避けていた。 |
| 「自分の命と体を大蛇丸に差し出すことでイタチを葬れるのであれば構わない」と大蛇丸が転生の手段（器）として執着していることも甘受していたが結果的に病に侵されていた大蛇丸が万全でなく、いよいよ転生の時期かというタイミングで叛旗を翻した。 |
| 襲撃した際に見せた形態変化の槍は大蛇丸でさえ未知の術であるほどで、サスケはかなりの成長を遂げていた。 |
| 大蛇丸との戦いの末、転生の儀式によって肉体を吸収されそうになるが、写輪眼の瞳術で術を跳ね返し、逆に大蛇丸のすべてを乗っとった。 |
| そして、実験施設にある巨大なカプセルの一つに閉じ込められた「水月」、大蛇丸の部下で南アジトの監獄の管理者だった「香燐」、北アジトに自ら捕らわれの身となっていた男「重吾」の3名を、それぞれ三者三様の理由ではあるが協力させることに成功し、フォーマンセル『蛇』となった。 |
| その後、暁のデイダラと戦闘。 |
| 両者満身創痍の状態になるまで戦ったが、デイダラの自爆で辛くもサスケの勝利に終わった。 |
| その戦いでの傷を癒した後、実兄イタチと再会、激しい戦いを繰り広げる。 |
| その戦いの中で、大蛇丸による天の呪印からイタチによって開放される形となる。 |
| 最後は自ら編み出した雷遁「麒麟」を発動するが、イタチの「須佐能乎」により無効化され絶体絶命の危機を迎える。 |
| しかし、イタチが勝利を目前にして力尽きたことにより、兄弟対決は終焉を迎える。 |
| その後、うちはマダラにより保護され、自分の目にイタチがマダラを殺すために「天照」を封印していたことから、イタチにまつわる真実をマダラから話され、兄の尊さを実感した。 |
| この時、サスケの両眼は「万華鏡写輪眼」を開眼した。 |
| 「蛇」を脱したサスケは「鷹」として行動し、イタチ、うちは一族のため木ノ葉隠れへの復讐を決意する。 |
| その中、共に行動している「暁」との取引で、八尾の人柱力・キラービーとの戦闘となる。 |
| 圧倒的な力を見せる八尾の攻撃により一時的に瀕死の状態となるが、仲間の助けと万華鏡写輪眼に宿った瞳術「天照」により、辛くもサスケの勝利に終わった。 |
| その戦いでの傷を癒した後、「鷹」のメンバーを引き連れて木ノ葉へと向かう。 |
| しかし、その途中でマダラに遭遇。 |
| サスケが捕まえた八尾が偽者だったことを知らされ、更にペインによって木ノ葉隠れが壊滅状態に陥ったことも知る。 |
| そして、新たな火影が復讐の対象であるダンゾウに決まったこと、間もなく五影達が緊急会議を開くという事をマダラから知らされると、その現場でダンゾウを討ち取るという意思を示して、ゼツの案内で会議の会場へと向かう。 |
| 会場となった鉄の国でダンゾウの姿を確認するが、ゼツとマダラにより自身の侵入を五影達に知られてしまい、鉄の国の侍達と交戦。 |
| この戦いでは、「相手を殺さない」というやり方でいたかつてのサスケとは違い、自分に向かってきた侍達を皆殺しにしたため、鷹のメンバーは驚きと戸惑いを見せていた。 |
| このとき、香燐はサスケのチャクラの質が黒く、冷たいと感じている。 |
| その後、駆けつけた雷影、風影となった我愛羅たち五影と激闘を繰り広げ、新たな力である「須佐能乎」を発動し、優位に立つものの激しいチャクラの消費と須佐能乎によるリスクで次第に追い詰められてしまう。 |
| 危機一髪の所でマダラに助けられ、体力回復のために香燐と共にマダラの中の異空間へ放り込まれる。 |
| 回復を終え、マダラの手引きでダンゾウとの対決に臨む。 |
| いかなる決定打もうちは一族でも禁術とされているイザナギで無効化するダンゾウに苦戦するが、発動時間の制限という弱点を突き攻撃を当てることに成功する。 |
| 香燐を人質に取られても、彼女ごと千鳥で貫き勝利する。 |
| その後動けなくなった香燐を見限り始末しようとするが、サクラの介入で一旦留まる。 |
| だが隙を見せたサクラをも殺そうとするが更にカカシが乱入、説得を試みるカカシだったがサスケはこれを拒絶し交戦へ突入する。 |
| 万華鏡写輪眼の酷使で視力をほとんど失いながらもカカシを相手に優位に戦い、サクラを再び殺そうとするがナルトの介入で失敗、その後はナルトと一触即発状態に陥りナルトの抱いている思いを聞くことになる。 |
| マダラ、ゼツの迎えにより一旦退くことになるが、木ノ葉への復讐の前にかつての親友であるナルトと決着をつけることを決め、戦いに備えてマダラにイタチの眼を自身に移植してもらう。 |
