| 不動明は父の親友の牧村家で居候になりながら、家の娘の牧村美樹と共に名門学院に通う普通の学生。 |
| ある日突然現れた親友の飛鳥了に「氷の中で眠っていた地球の先住人類「デーモン（悪魔）」が、何万年の時をへだてて現代によみがえり再び地球を人類から奪い返そうとしている。 |
| 」と知らされ、人類を守るために了の父である飛鳥教授の残した「恐怖の遺産」を受ける事、すなわちデーモンと合体して悪魔の力を手に入れる事を決意する。 |
| 人間がデーモンと合体しても人間の心を持ち続けるための条件（合体時に理性を失った状態でいる、デーモンの意識を抑える強い意思を持つ、善良で純粋かつ正義を愛する若者である）を満たした明は、デーモンの勇者・アモンと合体に成功して人間の心と悪魔の力を持つ悪魔人間・デビルマンとなった。 |
| デビルマンを倒すため次々にデーモンの刺客が迫り、明はそれらを全て倒していったが、ついにはデーモンの人類に対する無差別合体が始まる。 |
| 理性ある人間との合体はデーモンにとっても死を意味する一人一殺の特攻作戦なのだが、人間の弱点である「恐怖心」を見事につき、ソ連ではデーモンの侵略阻止のためにツリングラードに水爆を射ち込む結果を招いた。 |
| 悪魔王ゼノンによる人類に対する宣戦布告が行われ、デーモン軍団の総攻撃に対し人類も自らが開発した兵器で対抗するが、デーモンの超能力、かねてより人間に合体していたデーモンの蜂起、デーモンの唐突な合体によるかく乱戦術の前に、治安維持を生業とする者も、そうでない民間人も、次々と命を落としていった。 |
| 了と共に事の成り行きを見守っていた明だが、了の制止を振り払い単身で無数のデーモンとの戦いに出た。 |
| しかし多勢に無勢で倒れ、デーモンの1人がデビルマンにとどめを刺そうとしたとき、「デビルマンを生かすことが大魔神サタンの意思」だと告げられ、明は見逃される。 |
| 1人の力では戦えないと悟った明は、無差別合体でデビルマン化した者たちを集め、デビルマン軍団を組織するのだった。 |
| 世界的な権威・雷沼教授が「悪魔の正体は現代生活に不満を持つ人間」と発言したため、お互い疑心暗鬼になった人類は悪魔狩りの名の下、中世の魔女狩りのごとくデーモンと疑わしい人物、悪魔化しそうな危険な人物などを次々と逮捕・拷問にかけて殺していった。 |
| 明が無数のデーモンとの戦いから帰還したこと、自分の思い通りに物事が進むことを不思議に感じた了は、事件について考え直すため自宅に向かう。 |
| 自宅を調べると、悪魔実在の証拠である石像は偽物で、しかも見つけた写真には自身とは別人の"既に死んでいる了"が写っていた。 |
| 混乱する了の前に無数のデーモンが現れ、了を迎えに来たと告げて、全ての謎が氷解する。 |
| 了こそ、デーモンの支配者であるサタンだったのだ。 |
| 彼は自ら人間となり人間の心を持ち人間として生活し人間としてデーモンを恐れた。 |
| ゼノンは了の恐れる事をそのまま行っていたのである。 |
| 記憶を取り戻した了は、テレビ番組でデーモンが人間に取り付いて人間社会に潜伏している、明がその1人だと告げ、さらに明の前に現れると、もうデーモンが手を下さずとも人類は滅びる事、自分がデーモンである事、デーモンと戦うために明を合体させたつもりだったが実は新しい世界に明を生き残らせるためだった事、デビルマン軍団とは戦いたくはない事を語り、デーモンの時代、新しい時代を共に生きようと誘った。 |
| そのころ牧村家では、牧村夫妻が悪魔を匿ったとして悪魔特捜隊に連行され拷問の末殺されてしまう。 |
| 事ここに至り、お互いを信じず殺し合う人類に一度は絶望した明だったが、自分の戦いの最後の拠り所として、美樹を守るという目的が残っていた事に気づき、立ち直る。 |
| しかし、美樹の許へ駆けつけた明が見たものは、狂気に身を任せた住人たちが美樹らを惨殺し、その生首を槍の先に掲げている地獄絵図であった。 |
| 明は怒り狂い、美樹を殺した者たちを焼き殺す。 |
| 全ての希望を失った明であったがサタンと戦うことを決意する。 |
| やがて20年の時が流れて人類はすでに滅亡していた。 |
| 中国大陸に集結したデビルマン軍団とデーモン軍団との最終決戦・アーマゲドンが始まる。 |
| それは飛鳥了と不動明の愛と憎悪の戦いだった。 |
| 戦いが終わり、サタンは明に語る。 |
| かつて地球を支配していたデーモンを、創造主たる神が滅ぼそうとしたこと。 |
| それに反発したサタンはデーモン側について戦い、勝利して永い眠りについたこと。 |
| 目覚めると地球が人類に支配されていて、サタンは地球を荒らした人類を許せなかったこと。 |
| しかしサタンは自分が人類に対し行ったことが、かつて神がデーモンに行ったことと同じだと気付き、人類を滅ぼしたことを後悔して明に謝罪した。 |
| サタンが語り終えたとき、戦いで傷ついた明は息を引き取り、地球上空に神の軍団が降臨して物語は幕を下ろす。 |
