| 『あたしの中の……』奇想天外社（1977年）のち集英社文庫 。 |
| 『星へ行く船』1980年 集英社文庫コバルトシリーズ／全5巻。 |
| 番外編に『αだより』『星から来た船』がある。 |
| 『いつか猫になる日まで』（1980年 集英社文庫コバルトシリーズ）。 |
| 『週に一度のお食事を』（1980年／森脇真末味により漫画化）。 |
| 『グリーン・レクイエム』奇想天外社（1980年／第12回星雲賞日本短編部門受賞／1985年映画化）のち講談社文庫、創元SF文庫 。 |
| 『緑幻想:グリーン・レクイエムII』講談社（1990年）のち文庫 。 |
| 『ネプチューン』（1980年／第13回星雲賞日本短編部門受賞）。 |
| 『ひでおと素子の愛の交換日記』角川書店、1984-87 のち文庫（連載1981年～／吾妻ひでおとの共著）創元SF文庫 。 |
| 『扉を開けて』CBSソニー（1981年／のち集英社文庫 1986年アニメ映画化）。 |
| 『ひとめあなたに…』（1981年）のち角川文庫、創元SF文庫 。 |
| 『ラビリンス―迷宮―』徳間書店（1982年）のち文庫。 |
| 通りすがりのレイディ 集英社文庫コバルト、1982 。 |
| 『二分割幽霊綺譚』講談社（1983年 のち文庫、ラジオドラマ化）。 |
| 『…‥絶句』早川書房1983年 のち文庫／1984年ラジオドラマ化。 |
| 新井も本人の役で出演。 |
| 『ブラック・キャット』（1983年／全4話。 |
| 2話以降の執筆間隔が長く、ほぼ20年かけて完結した。 |
| カレンダー・ガール 集英社文庫コバルト、1983 。 |
| 『あなたにここにいて欲しい』文化出版局（1984年 のち講談社文庫／1992年映画化）。 |
| ブラックキャット 集英社文庫コバルト、1984 。 |
| 『ディアナ・ディア・ディアス』徳間書店（1985年）のち文庫 。 |
| 新井素子のサイエンス・オデッセイ 新潮文庫、1985 。 |
| 『結婚物語』角川書店（1986年／1987年、のち文庫、沢口靖子、陣内孝則の主演でドラマ化）。 |
| 新婚物語 角川書店（1987年 のち文庫／1988年、同キャストでドラマ化）。 |
| 逆恨みのネメシス 集英社文庫コバルト、1986。 |
| 『今はもういないあたしへ…』大陸書房（1987年）のちハヤカワ文庫 。 |
| 『季節のお話』徳間書店（1989年）のちブッキング。 |
| 『ふたりのかつみ』角川ノベルス（1989年）のち文庫 。 |
| 新井素子の未知との遭遇、講談社、1990 のち文庫 。 |
| くますけと一緒に 大陸書房、1991 のち新潮文庫 。 |
| 『おしまいの日』新潮社（1992年／のち文庫 1993年NHK-FMでラジオドラマ化、主演：谷山浩子／1999年映画化、主演：裕木奈江）。 |
| ネリマ大好き、徳間書店、1992 。 |
| わにわに物語 1-2 講談社、1992-93 のち文庫 。 |
| 近頃、気になりません?広済堂出版1994 のち講談社文庫 。 |
| とり散らかしておりますが講談社文庫1994。 |
| テディベアに会えた日日本文芸社1994。 |
| キャスリング（ブラツクキャット3） 集英社コバルト文庫1994。 |
| もとちゃんの夢日記角川文庫1995。 |
| もとちゃんの痛い話角川文庫1997。 |
| 『チグリスとユーフラテス』集英社、1999（連載1996年～1998年／第20回日本SF大賞受賞）のち文庫 。 |
| 素子の読書あらかると中央公論新社2000のち文庫 。 |
| 『ハッピー・バースディ』角川書店（2002年）のち文庫 。 |
| 明日も元気にいきましょう角川文庫2004。 |
| チェックメイト—ブラック・キャット〈4〉集英社コバルト文庫2004 。 |
| お元気ですか広済堂出版2004。 |
| ちいさなおはなし集英社2007 。 |
| 今日もいい天気廣済堂出版2007 。 |
| 『もいちどあなたにあいたいな』新潮社2010。 |
