| 1973年、大分市議会議員に当選。 |
| 1979年には大分県議会議員に当選し、障害者の自立を促す福祉政策や、家族と地域社会を護る政策を推進する。 |
| また、子供の教育政策にも取り組んだ。 |
| 1986年7月、第38回衆議院議員総選挙に出馬するも落選。 |
| 1990年2月、第39回衆議院議員総選挙に初当選。 |
| 3期連続当選するが、2000年6月の第42回衆議院議員総選挙では民主党の釘宮磐に敗れ落選。 |
| 2003年11月の第43回衆議院議員総選挙では小選挙区で落選するも重複立候補制度の適用により1996年同様に復活当選。 |
| 国政においても、障害者自立支援、家族政策、教育政策、教育政策の延長としての歴史問題、拉致問題に取り組む。 |
| 夫婦別姓法案には、「家族の解体を進める法案」だとして反対運動に立った。 |
| 人権擁護法案に対しても、人権の名の下に言論の自由や表現の自由を抑圧し、ひいては「人権ファシズム」を惹き起す恐れがあるとして、古賀誠元自由民主党幹事長ら推進派に激しく対峙した。 |
| 拉致問題にも、重大な人権侵害であるとともに日本の国の主権侵害であるとし、2004年4月に結成された「拉致議連」にも結成と同時に加入する。 |
| 拉致議連では事務局長を努め、関係省庁や家族会をはじめとした各種団体とのやりとりや、政府による対北朝鮮政策の策定に裏方として関わった。 |
| 教育問題では、2004年10月、イギリスでの歴史教科書問題を時のサッチャー政権が教育基本法を改正することで「自虐偏向」を「正常化」したとされる事例を現地調査するための、与野党合同の「イギリス教育改革調査団」を設立。 |
| 2005年4月に、PHP研究所から中西輝政監修、安倍晋三幹事長代理らと共著で『サッチャー改革に学ぶ教育正常化への道』を上梓する。 |
| 教育問題の一環として、教科書問題にも取り組み、従軍慰安婦に関しては、1997年に中学校の教科書に掲載されることからその存在の是非に疑問を抱き、「日本の前途と歴史教育を考える若手議員の会」を結成し（同会・幹事長に就任）、存在肯定派と否定派の両派の有識者を招いて意見を聞く勉強会を主催し、その成果を1997年12月に『歴史教科書への疑問』（展転社）を発刊した。 |
| 2005年7月5日の郵政国会では反対票を投じたため副大臣を罷免される。 |
| 2005年9月11日の第44回衆議院議員総選挙では自民党の公認を得られず無所属で大分1区から出馬したが民主党の吉良州司に3927票差で落選。 |
| 2007年7月の第21回参議院議員通常選挙で比例区からの立候補を希望し、自民党に公認を申請したことが引き金となって前年末に続く郵政造反組復党問題が起こる。 |
| 党内では前年末の「造反組議員」復党で内閣の支持率が下がったことなどから根強い反対意見も有ったが、かつての盟友安倍晋三総裁（内閣総理大臣）が自民党の総裁推薦候補（自民党には比例代表選挙に際して総裁が自らの推薦候補を1名だけ指名できる慣例がある）を衛藤にすることに強い意志を表明した。 |
| 自民党党紀委員会では賛成10票、反対7票という異例の多数決となったが、復党が実現して比例代表候補となった。 |
| 地盤が狭い元衆院議員が参議院比例区に立候補する場合、通常は地元の票固めを行う。 |
| しかし衛藤の支持層を比例区で取り込もうと考えていた公明党への配慮から、自民党本部は復党にあたって地元大分での選挙活動を認めないなどの厳しい制約を課した。 |
| 衛藤は福岡県に選挙事務所を置こうとしたが、公明党はそれについても「九州内では意味がない」と反発したため、最終的に東京・渋谷に選挙事務所を置くことになった「参院選 漂う悲哀「郵政造反・くら替え組」 失った地盤・看板…」産経新聞 2011年7月26日。 |
| 一方、6月11日に東京で開かれた「えとうせいいち君を激励する会」では、伊吹文明文部科学大臣や自民党の中川秀直幹事長、中川昭一政調会長などが支援を表明した。 |
| 拉致被害者家族連絡会の横田夫妻も駆けつけメッセージを送っている。 |
| また、ソプラノ歌手の森敬惠が「衛藤晟一応援歌」の作詞・作曲を行った。 |
| 地元大分で活動できない中で全国で選挙活動をして当選を果たす。 |
| 12月12日、参議院本会議において野党提出の郵政民営化凍結法案の採決では棄権したため、自民党参議院議員会長・尾辻秀久から厳重注意処分を受けた。 |
| 2008年4月14日、自民党大分県連により、県連復帰が承認された。 |
| これに対して、公明党大分県本部の竹中万寿夫代表が同日の自民党県連年次大会出席を急遽取り止めた。 |
| 竹中は衛藤の県連復帰により、「自公の信頼関係が崩れ、今後の自公協力が厳しくなる」と述べた。 |
| 2010年1月、議員グループのぞみに参加。 |
| 自民党障害者特別委員長を務める。 |
| 2011年5月24日、自民党本部で開かれた同党外交部会で、外務省アジア大洋州局の北野充審議官が横を向いて同僚と話した瞬間に激高し、「いい加減にしろ。 |
| 本気で国益を守ろうと思っているのか」と叫んで数メートル離れた場所からコップの水を浴びせ掛けた |
| 「自分が話している最中に横を向いていた」とのこと |
| 韓国の国会議員が北方領土を訪問する計画を立てており、これについて菅直人総理が日韓首脳会談において言及しなかったことに外交部会で批判が続出。 |
| 北野審議官は理由として「事実関係を確認中だった」と答えていた。 |
